Große Veränderung auf kirchlichem Gebiet brachte die Reformation mit sich. Bereits 1528 bekannte sich Burghaslach zur Lehre Luthers. Thüngfeld und Elsendorf trennten sich zu diesem Zeitpunkt von der "Urpfarrei" Burghaslach.
Elsendorf wird zunächst von Schlüsselfeld aus betreut (1536), wird dann aber (1582) der damaligen Pfarrei Reichmannsdorf zugewiesen.
In einem Brief vom 15.12.1565 wenden sich die Gemeinden Elsendorf und Thüngfeld an den Bischof von Würzburg mit der Bitte um einen eigenen Priester, weil sie mit der Betreuung durch den Pfarrer zu Schlüsselfeld nicht zufrieden sind.
Dass die lutherische Lehre Anhänger auch in Elsendorf gefunden hatte, berichtet der Amtsverweser zu Wachenroth, der hier 1596 im Zuge der Gegenreformation auf bischöflichen Befehl drei protestantische Einwohner verhaften ließ.